已干燥產品是一種疏松的多孔物質，有很大的內表面積。如果暴露于空氣之中，就會吸收空氣中的水分而潮解，增加產品的殘余水分含量。其次，空氣中的氧、二氧化碳與產品接觸，一些活性基團就會很快與氧結合產生不可逆的氧化作用。此外，空氣中如含有雜菌，還會污染產品。因此，在產品干燥后，最好能直接在真空箱內密封，使之不與外界空氣接觸。現在比較先進的凍干機都具有這種功能。因此，凍干產品的貯藏應該從第二階段干燥結束以后開始。

由解吸等溫線可知，在平衡條件下，產品中吸附水分的量在給定溫度下是水蒸氣壓力的函數，如圖4-53所示。在給定溫度下，在很短的時間內可近似認為是平衡狀態，在第二階段的工作壓力應該小于平衡蒸氣壓，例如，當溫度為+40℃，預期殘余水分小于1%時，p_ch應該為幾帕。如果產品（血漿）的溫度只有+20℃，則工作壓力應該比1Pa還小。通常情況，延長干燥時間不能降低殘余含水量——只有升高溫度才能降低殘余含水量。要想得到較低的含水量，吸濕性的產品應防止在干燥室中再次吸入已被干燥除去的水分。如果使用小瓶，應在干燥室中密封。如果是散裝的物料或食品，干燥后應該往干燥室中充入干燥空氣或惰性氣體。在+20℃，相對濕度為70%時，空氣中的水分約為1.3×10^-2gH₂0/L。往體積為200L的干燥室充入該氣體時，將引入2.6g的水蒸氣。如果干燥室中有300個小瓶，每個小瓶裝有固體含量為10%的1cm³的物料，則殘余含水量將增加約9%。如果固體含量只有1%，則殘余含水量增加到90%。充入氣體的露點應該與第二階段的最終壓力相對應，例如，最終壓力為2Pa,氣體的露點應為-55℃，最小應為-50℃。

因此，凍干產品應在二次干燥結束后采用真空或充氮氣包裝，包裝材料的滲透性差，貯藏運輸過程應避光。